"Agente 47" se centra en un asesino de élite que ha sido genéticamente alterado para ser convertido en una máquina de matar perfecta, y que es conocido por los dos últimos dígitos de su código, tatutado en la nuca: "47". Su objetivo es acabar con una megacorporación que planea desvelar los secretos de su organanización secreta. Para ello, forma equipo con una joven.